被世界衛生組織（WHO）列為疫苗接種禁忌情況的有：
免疫異常者，如先天性或獲得性免疫缺陷、惡性腫瘤等疾病患者，以及應用皮質固醇、烷化劑、抗代謝藥物或接受放射治療而免疫功能受到抑制者，一般不能接種減毒活疫苗，如不能口服脊灰減毒活疫苗，不能接種麻疹疫苗等。
急性傳染病患者，如果受種者正患有伴有發熱或明顯全身不適癥狀的急性傳染病時，應推遲接種。
既往接種疫苗后曾經出現過嚴重不良反應者，如對疫苗成分嚴重過敏，或者接種疫苗后出現嚴重過敏反應，則不能再次接種同一種疫苗。
患有進行性神經系統疾病的兒童，如未控制的癲癇、嬰兒痙攣或進行性腦病等，不應接種含有乙腦、流腦、百日咳等抗原的疫苗。
預防接種人員在接種疫苗時，應根據孩子的健康狀態判定是否可以接種。遇《中國藥典》及疫苗說明書中明確規定的禁忌，不應接種疫苗，或者推遲接種疫苗。
